L'Organizzazione XIII è un gruppo composto da tredici Nobody.
Questi tredici misteriosi figuri avvolti da lunghi abiti e cappucci neri sono appunto dei Nobody; un Nobody è un guscio vuoto, privo di cuore, che si forma quando una persona viene trasformata in Heartless.
I membri dell'Organizzazione, tuttavia, sono riusciti a mantenere una forma umana grazie alla loro forza di volontà, anziché diventare dei semplici Nobody di basso livello, e si sono uniti per tentare di riappropriarsi del proprio cuore. In che modo? Ma naturalmente grazie al Keyblade. Si tratta dell'arma che viene brandita da dei Prescelti dal cuore puro, con la quale si sconfiggono gli Heartless e si liberano i cuori da essi catturati: cuori che verranno presi dall'Organizzazione. Insomma, un'arma temuta dall'Oscurità.
Purtroppo gli antichi piani e membri dell'Organizzazione XIII sono stati totalmente annientati da questi Prescelti, che riportarono la pace nei Mondi.
Lentamente ogni singolo componente dell'Organizzazione è Rinato dalle sue ceneri, grazie al potere residuo di Kingdom Hearts; capiti gli errori commessi in passato hanno deciso di rimanere esseri del nulla e di continuare la distruzione degli altri mondi solo per la bramosia di potere espansionistico.
